Modify virtual server configuration->Public Path – здесь настраивается корневой каталог сервера и есть очень удобная вкладка добавления виртуальных каталогов

Modify virtual server configuration->File and Directory – настройка отображения скрытых файлов и директорий, их имен, задание опций передачи файлов, доступа пользователей к определенным типам файлов.
Modify virtual server configuration->Security – задание числа попыток неверного набора пароля, времени блокирования пользователя после этого, списка разрешенных/неразрешенных ip-адресов.